投資ETF必須支付的費用有兩部分，第一部分為交易所需的費用，若是在次級市場中，其費用包括買進和賣出的手續費及交易稅，這部分費用的概念和股票一模一樣，唯一不同的是ETF的交易稅只要千分之一，相較於股票交易稅千分之三算是低廉。若是在初級市場中交易的話，則在申購或贖回時必須支付一筆費用，一般為每實物申購買回基數收取5000元（換算約為萬分之1.5至3左右）。
第二部分則是持有ETF所需的管理費用，管理費用包括基金的總費用率和調整投資組合所需的手續費、交易稅、稅捐等等相關費用。其中基金的總費用率包括了基金經理費、保管費、指數授權費、上市費等等。 |
| ETF相關費用 |
| 交易費用 |
說明 |
| 次級市場 |
手續費 |
最高為千分之1.425，買進賣出都需支付。 |
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交易稅 |
千分之一，賣出支付。 |
| 初級市場 |
實物申購買回手續費 |
一般為每實物申購買回基數收取5000元
（換算約為萬分之1.5至3左右） |
| 管理費用 |
說明 |
| 基金總費用率 |
包括基金經理費、保管費、指數授權費、上市費等 |
| 調整投組費用 |
因調整成分股所發生的相關費用 |
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ETF的費用也會隨著類型的不同而有所調整，以美國為例，ETF收費標準大致可以三種類別來區分。第一類為大盤指數ETF，這一類的費用大約介於0.09%~0.25%，第二類為產業類型ETF，此類ETF費用大約為0.28%~0.6%，略高於大盤指數ETF，第三類為國際指數ETF，這類ETF是所有ETF種類裡收費最高的，費率大概介於0.5%~0.99%間。而一般積極型操作的基金平均費用卻超過1.5%，相較之下投資ETF的成本相對低廉很多。
ETF的總費用是由經理費、保管費、指數授權費、上市費等等費用所構成，想要了解每檔ETF都收費標準可以參閱該檔ETF的公開說明書，裡面都有關於ETF的收費的詳細說明，
投資人也可以到發行公司網站或基智網觀看，以下將以寶來卓越五十為例，說明如何在基智網觀看管理費率：
| 1. 進入基智網ETF網站 |
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| 2. 在ETF搜尋中輸入「0050」，然後按下「ETF搜尋」。 |
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| 3. 從ETF基本資料中便可以觀看總管理費用 |
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